El 06 de octubre de 2006 se dictó la Orden PRE/3108/2006, por la que se da publicidad al Acuerdo de Consejo de Ministros que dispone la creación de la Autoridad de coordinación de las actuaciones para hacer frente a la inmigración ilegal en Canarias y se establecen normas para su actuación.
En el verano de 2006 se había producido un punto de inflexión en la situación migratoria por vía marítima hacia las Islas Canarias, llegando más de 30.000 personas procedentes del continente africano en las embarcaciones conocidas como “cayucos”. Aquella situación exigió la adopción de medidas urgentes para centralizar los esfuerzos de todas las actuaciones desarrolladas por la Administración General del Estado en relación con la inmigración irregular en el ámbito marítimo, aéreo y terrestre.
Así, las actuaciones operativas en este ámbito se dirigen desde entonces por un Oficial General de la Guardia Civil nombrado al efecto, que dependía directamente de la extinta Dirección General de la Policía y de la Guardia Civil a través de la Dirección Adjunta Operativa del Cuerpo. Además, al objeto de centralizar la coordinación y el seguimiento de todas las actuaciones se dispuso el Centro de Coordinación Regional de Canarias (CCRC), ubicado en Las Palmas de Gran Canaria.
Una situación de igual índole provocó que en 2018, mediante el Acuerdo de Consejo de Ministros de 3 de agosto, se dispusiera la creación de una Autoridad de Coordinación de las actuaciones para hacer frente a la inmigración irregular en la zona del Estrecho (ACIE) y se establecieran normas para su actuación (Orden PCI/842/2018). A semejanza de la estructura de Canarias, se creó el Centro de Coordinación del Estrecho (CCOE), constituyéndose como Centro de Situación y Seguimiento en la gestión de los flujos de la inmigración irregular en la zona del Estrecho. Aunque inicialmente estuvo ubicado en Sevilla, actualmente tiene su sede en Málaga.
Unos meses más tarde se adoptaron medidas adicionales para reforzar las capacidades operativas y garantizar la adaptación permanente de dicha Autoridad de Coordinación en la zona del Estrecho de Gibraltar, mar de Alborán y aguas adyacentes (Orden PCI/121/2019).
Posteriormente, en mayo de 2020 se estableció una estructura de coordinación centralizada y se nombró a un General del Cuerpo como Autoridad de Coordinación de las actuaciones para hacer frente a la inmigración irregular tanto en Canarias como en la zona del Estrecho, mar de Alborán y aguas adyacentes (Orden INT/482/2020).
El Real Decreto 734/2020, de 4 de agosto, por el que se desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio del Interior, creó la figura del Mando de Fronteras y Policía Marítima (MAFRONT), responsable, de acuerdo con las directrices emanadas de la persona titular de la Dirección General de la Guardia Civil, de la ejecución de las funciones previstas en los Acuerdos del Consejo de Ministros para la Autoridad de Coordinación para hacer frente a la Inmigración Irregular y de las encomendadas por el ordenamiento a la Guardia Civil para el control de los demás flujos irregulares, teniendo entre sus funciones la de resguardo fiscal del Estado.
Del MAFRONT dependen actualmente la Jefatura Fiscal y de Fronteras y la Jefatura de Costas y Policía Marítima. Según la Instrucción General número 1/2021 de 10 de febrero, sobre modificaciones en la estructura de la Dirección General de la Guardia Civil, la Jefatura de Costas y Policía Marítima ejerce competencias funcionales sobre los Centros de Coordinación para hacer frente a la inmigración irregular en ejecución de las funciones previstas en los Acuerdos del Consejo de Ministros y sobre los Centros Regionales de Vigilancia Marítima de Costas y Fronteras (Mediterráneo, Estrecho, Atlántico y Cantábrico).
